Он приехал в столицу в сентябре 1664 г., доставив туда «костяную казну» — 289 пудов моржовых клыков на сумму 17 340 руб. серебром. В январе следующего года с ним был произведен полный расчет: ведь с 1641 по 1660 г. Семен Иванович не получал ни денежного, ни хлебного жалования. По постановлению Сибирского приказа « Великий государь, царь и великий князь Алексей Михайлович... слушав сее выписки и челобитья ленского казака Сеньки Дежнева, пожаловал — велел ему, Сеньке, свое государево годовое денежное жалованье и за хлеб на прошлые годы со 151-го по 170-й год (1643— 1662 гг. — М.Ц.) на 19 лет за ево службу, что он в тех годех был на ево, государеве, службе на Андыре реке для государева ясашново збору и прииску новых землиц, и будучи на государеве службе упромышлял кости рыбья зубу 289 пуд, цена по штидесят рублев пуд, и ясак на великого государя збирал, и аманаты имал. А на те прошлые на 19 лет государева годового денежного и хлебного жалованья нигде не имал. И за ту ево, Сенькину, многую службу и за терпение пожаловал великий государь, царь и великий князь Алексей Михайлович... ленскому казаку Сеньке Дежневу за государево годовое денежное и за хлебное жалованье... всего сукнами и деньгами на 100 на 20 на 6 рублев на 6 алтын на 4 деньги дано» (24, с. 285, 286).

Кроме того, царь « за его, Сенькину, службу и за прииск рыбья зуба , за кость и за раны поверстать в атаманы» (18, с.294). За лично добытые Дежневым моржовые клыки (31 пуд 39 фунтов) он получил от московских властей 500 руб. Известный полярный исследователь член-корреспондент АН СССР В.Ю. Визе считал, что эта сумма составляла всего примерно третью часть действительной стоимости (36, с. 290).